Σύμφωνα με τον ιδρυτικό νόμο των Πρότυπων και Πειραματικών Σχολείων (Ν. 3966/2011), η επιστημονική και παιδαγωγική ευθύνη για τη λειτουργία του Σχολείου ανατίθεται στο Επιστημονικό Εποπτικό Συμβούλιο (ΕΠ.Ε.Σ), το οποίο έχει την αρμοδιότητα να προγραμματίζει τις ερευνητικές και επιμορφωτικές δραστηριότητες, καθώς και τις δράσεις που αφορούν την προσφορά του Σχολείου στην τοπική κοινωνία.
Το ΕΠ.Ε.Σ. του Πειραματικού Σχολείου Πανεπιστημίου Αθηνών – Π.Σ.Π.Α. αποτελείται από τις/τους:
1. ΝΙΣΤΑΖΑΚΗ ΕΚΤΟΡΑ, Καθηγητής ΕΚΠΑ (Πρόεδρος)
2. ΠΟΛΥΖΩΗ ΓΕΩΡΓΙΑ, Συντονίστρια Εκπαιδευτικού Έργου
3. ΑΡΑΜΠΑΤΖΗ ΑΙΚΑΤΕΡΙΝΗ, Συντονίστρια Εκπαιδευτικού Έργου
4. ΜΠΙΜΠΟΥΔΗ ΜΑΡΙΑ, Διευθύντρια Π.Δ.Σ.
5. ΣΤΕΡΓΙΟΥΛΗ ΕΜΜΑΝΟΥΗΛ, Διευθυντή Πειρ. Γ/σίου & Λυκείου (Γραμματέας)
6. ΖΑΦΕΙΡΙΟΥ ΔΗΜΗΤΡΙΟ, Εκπαιδευτικό Π.Δ.Σ.
7. ΓΛΕΝΗ ΣΠΥΡΙΔΩΝΑ, Εκπαιδευτικό Πειρ. Γ/ Λυκείου
8. ΚΕΚΡΟΠΟΥΛΟΥ ΜΑΡΙΑ Εκπαιδευτικό Πειρ. Γ/ Λυκείου
ΒΛΑΧΟΥ ΔΗΜΗΤΡΑ Εκπαιδευτικό Π.Δ.Σ. (αναπληρωματικό μέλος)