Σύμφωνα με τον ιδρυτικό νόμο των Πρότυπων και Πειραματικών Σχολείων (Ν. 3966/2011), η επιστημονική και παιδαγωγική ευθύνη για τη λειτουργία του Σχολείου ανατίθεται στο Επιστημονικό Εποπτικό Συμβούλιο (ΕΠ.Ε.Σ), το οποίο έχει την αρμοδιότητα να προγραμματίζει τις ερευνητικές και επιμορφωτικές δραστηριότητες, καθώς και τις δράσεις που αφορούν την προσφορά του Σχολείου στην τοπική κοινωνία.

Το ΕΠ.Ε.Σ. του Πειραματικού Σχολείου Πανεπιστημίου Αθηνών – Π.Σ.Π.Α. αποτελείται από τις/τους:

1. Τόμπρας Γεώργιος,  Καθηγητής Ε.Κ.Π.Α. (Πρόεδρος)

2. Πολυζώη Γεωργία, Συντονίστρια Εκπαιδευτικού Έργου

3. Μπιμπούδη Μαρία, Διευθύντρια Πειραματικού Δημοτικού Σχολείου

4. Αραμπατζή Αικατερίνη, Συντονίστρια Εκπαιδευτικού Έργου

5. Στεργιούλης Εμμανουήλ, Διευθυντής Πειραματικού Γυμνασίου & Λυκείου

6. Γούβαλη Μαρίνα, Εκπαιδευτικός Πειραματικού Γυμνασίου & Λυκείου

7. Πανούσης Κωνσταντίνος, Εκπαιδευτικός στο 6/Θ Πειραματικό Δημοτικό Σχολείο