Σύμφωνα με τον ιδρυτικό νόμο των Πρότυπων και Πειραματικών Σχολείων (Ν. 3966/2011), η επιστημονική και παιδαγωγική ευθύνη για τη λειτουργία του Σχολείου ανατίθεται στο Επιστημονικό Εποπτικό Συμβούλιο (ΕΠ.Ε.Σ), το οποίο έχει την αρμοδιότητα να προγραμματίζει τις ερευνητικές και επιμορφωτικές δραστηριότητες, καθώς και τις δράσεις που αφορούν την προσφορά του Σχολείου στην τοπική κοινωνία.

Το ΕΠ.Ε.Σ. του Πειραματικού Σχολείου Πανεπιστημίου Αθηνών – Π.Σ.Π.Α. αποτελείται από τις/τους:

1. Σακελλαρίου Αγγελική, Επ. Καθηγήτρια Παν/μίου Δυτ. Μακεδονίας (Πρόεδρος)
2. Δανίλη Ελένη, Διευθύντρια Γυμνασίου-Λυκείου
3. Μπιμπούδη Μαρία, Διευθύντρια Δημοτικού
4. Ευαγγέλου Οδυσσέα, Σχολικό Σύμβουλο Π.Ε.
5. Ξάνθη Χαρίκλεια, Σχ. Σύμβουλο Δ.Ε.
6. Ανδριώτη Νικόλαο, εκπαιδευτικό ΠΕ02
7. Πανούση Κωνσταντίνο, εκπαιδευτικό ΠΕ70